09 April 2014

有些牛文章让人读了热血沸腾,今天这篇就是。虽然是2012的老文了,居然有点相读恨晚的感觉。这里得提一下,德国的一些课题组,在基因组,转录组方面,尤其是在Arabidopsis里,那是相当突出啊。

文章的立意就是“动物胚胎生成时的沙漏模型在植物里也成立”,并提供了转录组方面的证据。如下图,沙漏模型是说,在胚胎发育早期,各个物种差异明显;但是到中期,进化趋同;然后后期,又开始趋异发育。这个胚胎发育模型在动物里提出,最近在果蝇里有了分子证据。作者的精彩之处在于,把这个猜想模型移植到植物里,然后用公开数据进行验证。这样的文章,堪称生物大数据的研究典范啊。

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这个研究,应该是受果蝇研究的启发。他们计算了转录组年龄指数(TAI)和转录组分化指数(TDI),具体细节参见文章本身。这些指数在拟南芥的七个胚发育阶段,呈现一种完美的沙漏曲线(如下图)。很简单,但是多漂亮的一个研究啊。

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所以,大数据研究的着眼点是什么?两点: 1. 寻求经典的遗传学或生物学问题。 2. 向公开数据挖掘证据,证明或者证伪。

Quint, M., Drost, H.-G., Gabel, A., Ullrich, K. K., Bönn, M., & Grosse, I. (2012). A transcriptomic hourglass in plant embryogenesis. Nature, 490(7418), 98–101. doi:10.1038/nature11394

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